Fat32 i NTFS
S druge strane, datotečni sustav NTFS rođen je iz HPFS datotečnog sustava koji koristi OS / 2, suradnja IBM-a i Microsoft-a. Kada posao nije prošao, neke od značajki u HPFS-u pojavile su se u sustavu NTFS kada se pojavio za platformu Windows NT. Od tada je razvijena i pojavljuje se u novijoj verziji sustava Windows kao što je XP, Vista i uskoro će biti izdana Windows 7. Microsoft drži patente NTFS-u i stoga ne otkriva nikakve detalje u odnosu na datotečni sustav koji čini samo NTFS pogone već dugo čitljivo za sustave Windows, iako već postoje neke implementacije u Linuxu koje su sposobne pristupiti pogonima NTFS, ali bez svojih istaknutih značajki.
Fat32 je vrlo jednostavan i bezdušan sustav koji je također vrlo dokumentiran. To u stvari ne radi mnogo ništa osim praćenja gdje se datoteke nalaze. Zato je postao datotečni sustav izbora za većinu prijenosnih medija za pohranu poput flash diskova, mp3 playera i memorijskih kartica.
NTFS datotečni sustav je sasvim suprotan, nudeći više poboljšanja koja ne samo da poboljšavaju njegovu izvedbu već i sigurnost. Jedna od njih je transparentna kompresija datoteka koja automatski komprimira datoteku kada se zapisuje na disk. To bi moglo potencijalno osloboditi prostor na disku, ali datoteke mogu potrajati neko vrijeme za učitavanje. Drugi je disk kvota gdje administrator sustava može odrediti koliko diska određeni korisnik može koristiti.
Odabir između NTFS i FAT32 datotečnih sustava relativno je jednostavan zadatak. Jednostavno rečeno, NTFS je bolja opcija kada ga želite implementirati na sustav Windows računala. Ne samo zbog poboljšanja brzine nego i zbog višestrukih značajki. Međutim, nije preporučljivo za prijenosne medije jer većina uređaja i drugih operativnih sustava imaju poteškoće ili potpuno ne mogu pristupiti NTFS pogonima.